故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。

宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。

登场角色《机动战士高达 Thunderbolt》的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao…

一年战争终结七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织，为了将现在作为共和国的本国复辟为公国而继续着战争。战争末期，在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古的驾驶员——达利尔.洛伦兹，在失去了MS后降下地球，作为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。另一边，曾与达利尔展开死斗的伊奥被提拔为试作型MS——阿特拉斯高达的驾驶员，并被派遣往地球。新的战场，是留有殖民地坠落的伤痕的澳洲大陆的南洋……。

登场角色《机动战士高达 Thunderbolt》的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球联邦军的伊奥?弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战…

作品以飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”为舞台，讲述了新的一年战争的故事。

4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。 　　天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！ 　　《机动战士高达00》系列动画片第2季。

天人与联合国军的最终决战后过了四年。建立地球联邦政府的人类，为了追求更进一步的国家间之统合，以及人类意识的统一，在联合正规军之外，设立了独立治安维持部队“A-Laws”，目的为对所有危害联合的势力与主义、思想等进行非人道的压迫，例如反联合的国家、Katharon以及再次出现的天人。 为了遵守与路易丝·哈勒维的约定，朝着成为宇宙技术员之路前进的沙慈·克罗斯洛德，也身不由己的被联合政府的变革所卷入。另一方面，在4年前的最终决战中存活下来的刹那·F·清英，默默注视著因为受天人影响而变革的世界所产生的变化。打倒监视者亚历杭德罗·科纳后，他梦想着能有一个不再有纷争的和平世界。可是，他所看到的却是一个由“A-Laws”所制造的扭曲的和平，依然持续著歪斜的现实。于是他决定与能够改变世界的力量－“敢达”再次一同战斗。再次开始变化的世界中，刹那与沙慈的未来将朝向何方？